在医学方面，洁净室主要用于做心脏、脑外科、脏移植等深部手术的手术室，用于治疗白血病患者、重烧伤病人以及其他对于感染缺乏抵抗力患者的治疗室以及需要在无菌条件下进行操作的血注工作室等。